Rapat PeerGroup

Senin (31/10) bertempat di Ruang Sidang II LPPM UNS, Puslitbang Bioteknologi dan Biodiversitas kembali mengadakan agenda bulanan yaitu Rapat PeerGroup dengan pimpinan rapat adalah Prof.Dr.Ir.Sulandjari, MS selaku kepala Puslitbang Biotek Biodiv. Acara yang dimulai pada pukul 13.00 wib ini dihadiri oleh sekitar 14 PeerGroup. Ada banyak agenda yang dibahas pada rapat kali ini, antara lain mengenai Roadmap Puslitbang Biotek Biodiv serta beberapa rencana program kerja tahun 2012.

Seminar Hasil DIPA Tahun 2010

Rabu, 16 Februari 2011. Puslitbang Bioteknologi dan Biodiversitas mengadakan Seminar Hasil DIPA tahun 2010 bertempat di Ruang Sidang II, LPPM UNS.

Berikut ini judul penelitian yang dipresentasikan pada Seminar  Hasil DIPA tahun 2010.

NO

Judul Penelitian

Oleh

1

Analisis Molekuler HIV dan HCV di Surakarta Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D

2

Teknik Penumbuhan Biji Anggrek Hasil Persilangan pada Media Kultur Ir. Sri Hartati

3

Metode Pematahan Dormansi pada Benih Srikaya (Annona squamosa Linn.) dan Penggunaan Media Pertumbuhan Bibit Dr.Ir. Djatiwalujo Djoar, MS

4

Ekstrak Daun Meniran di Kabupaten Sukoharjo Ir. Ashry Mukhtar

img00381-20110216-1330

img00379-20110216-1329

img00378-20110216-1329img00382-20110216-1330

assignmenthelponline.co.uk

Rapat PeerGroup

dsc00011-3Rabu, 26 Januari 2011, pukul 13.00-16.00. Pusat Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Biodiversitas LPPM UNS kembali mengadakan rapat PeerGroup bertempat di Ruang P3BB LPPM UNS.

Adapun agenda rapat PeerGroup antara lain membahas mengenai:

1.      Pembaharuan susunan PeerGroup tahun 2011

2.      Hasil akreditasi Puslit Biotek Biodiv

3.      Rencana kegiatan Puslit Biotek Biodiv tahun 2011

4.      Jurnal Puslit Biotek Biodiv, yaitu JBB (Journal of Biotechnology and Biodiversity)

5.      Info-info lainnya.

Berikut adalah nama pengurus dan anggota PeerGroup yang hadir:

1.      Paramasari Dirgahayu, dr., Ph.D

2.      Prof.Dr.Ir.Sulandjari, MS

3.      Estu Retnaningtyas N., STP., M.Si

4.      Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D

5.      Dr.Ir.Djatiwalujo Djoar, MS

6.      Prof.Dr.Ir.Nandariyah, MS

7.      Yulia Sari, S.Si., M.Si

8.      Prof.Dr.Ir.Bambang Pujiasmanto, MS

9.      Prof.Dr.Ir.Djoko Purnomo, MP

Molecular Epidemiology Database of HIV, HBV, HCV, HDV,HTLV 1/2, and TTV In Central of Java, Indonesia

*Oleh: Paramasari Dirgahayu, dr., Ph.D (Kepala Puslit Biotek Biodiv)

Sejak tahun 2009 telah dilakukan kegiatan surveilans aktif berupa pengumpulan data epidemiologi dan klinis dan spesimen darah dari para komunitas resiko tinggi untuk infeksi human blood borne viruses (lembaga koreksional, pengguna narkotika suntik, men who have sex with men, dll.) untuk membuat database epidemiologi molekular human blood borne viruses di Indonesia berfokus pada HIV, HBV, HCV, HDV, HTLV-1/2 dan TTV. Sampel yang dikumpulkan tahun 2009 (518 spesimen darah) telah diskrining dengan uji serologi untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, dan anti-HTLV-1/2. Dari semua sampel tersebut 4,8 % (25/518), 3,3 % (17/518), 26,3 % (136/518), 0,2 % (1/518), 2,9 % (15/518) positif untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, and anti-HTLV-1/2, secara berurutan. Asam nukleat telah diekstrak dari semua sampel, yang dilanjutkan dengan RT-PCR nested untuk HIV, HDV, dan HTLV-1/2 dan PCR nested untuk TTV dan HBV. Produk PCR untuk HIV dan HCV telah disekuensing dan dianalisis. Secara garis besar, 13 RNA HIV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HIV pol. Untuk HCV, 31 RNA HCV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HCV E1-E2 dan NS5B. Semua sampel HBsAg positif berhasil dideteksi dengan PCR nested untuk sebagian daerah gen HBV HBsAg dan HBV daerah promotor dan precore. Isolat HDV tidak berhasil dideteksi dengan uji molekular. Untuk HTLV-1/2, 8 RNA HTLV-1/2 berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HTLV-1/2 LTR dan VS. Sebanyak 104 isolat TTV berhasil dideteksi menggunakan PCR nested yang mengamplifikasi sebagian daerah TTV N22. Analisis filogenetik isolat HIV dan HCV menunjukkan bahwa semua isolat HIV dan HCV kami berbeda dengan semua HIV dan atau HCV yang diisolasi sebelumnya di Indonesia. Pada tahun 2010 terkumpul 400 sampel lagi, dan telah dideteksi secara serologi untuk HIV dan HCV.

Kloning Gen Penyandi Protein Struktural Virus Hepatitis C Isolat Jawa Tengah Indonesia

*Oleh: Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah dimilikinya replikon dan sistem infeksius virus hepatitis C (HCV) isolat lokal (Indonesia). Replikon dan sistem infeksius tersebut akan digunakan untuk mempelajari strategi replikasi, diagnosis, vaksin maupun terapi HCV. Tujuan jangka pendek penelitian ini adalah dimilikinya kloning gen penyandi protein struktural virus hepatitis C yang akan digunakan untuk penelitian lanjutan di bidang diagnosis dan pembuatan vaksin. Untuk tujuan tersebut telah dilakukan isolasi RNA HCV dari spesimen plasma darah dengan anti-HCV positif. Isolat RNA ini dibuat bentuk cDNA-nya dan sebagian daerah NS5B dan E1-E2 diamplifikasi dengan RT-PCR dua langkah. Produk PCR kemudian disekuensing dan dianalisis filogenetiknya. Hasil analisis filogenetik ini digunakan untuk memilih isolat yang dikloning genomnya, dan terpilih isolat 09IDSKAC-20 yang memiliki genotipe 1a. Desain primer dan dilakukan dengan program FastPCR. Selanjutnya dilakukan isolasi RNA ulang dari aliquot plasma isolat yang dipilih untuk tujuan kloning. Kloning dilakukan dengan RT-PCR menggunakan Accuprime Pfx PCR Polymerase, kemudian produk PCR setelah dimurnikan disubkloningkan ke pETBlue-1 vector. Plasmid kemudian ditransformasikan ke dalam sel kompeten. Koloni sel kompeten dipanen, kemudian plasmid diekstrak dan kemudian disekuensing. Genom HCV yang terdapat di dalam plasmid vektor disekuensing dengan menggunakan primer universal untuk pETBlue-1, yaitu pETBlueUP primer #70604-3 untuk forward primer dan pETBlueDOWN primer #70603-3 untuk  reverse primer. Hasil sekuensing tersebut dianalisis menggunakan program Sequence Viewer dan MEGA4.

Teknik Penumbuhan Biji Anggrek Hasil Persilangan pada Media Kultur

*Oleh: Ir.Sri Hartati, MP (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

Tanaman anggrek merupakan tanaman khas Indonesia yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi. Salah satu jenis anggrek Indonesia yang merupakan kebanggaan nasional adalah anggrek bulan (Phalaenoposis). Jenis ini terdiri atas 60 spesies, 22 diantaranya tumbuh alami di Indonesia. Plasma nutfahnya tumbuh alami di Sulawesi, Sumatera, Kalimantan, dan Jawa. Kendati sebagai gudangnya anggrek Phalaenopsis, belum banyak silangan yang dihasilkan oleh Indonesia.

Anggrek yang diminati pasar adalah anggrek dengan kapasitas produksi bunga tinggi dengan bentuk dan warna yang menarik, mahkota bunga kompak, tekstur tebal, tahan lama sebagai bunga potong, jumlah kuntum bunga banyak, kuntum bunga tidak gugur dini akibat kelainan genetis, serta tahan terhadap hama dan penyakit.

Salah satu cara untuk mendapatkan spesies anggrek dengan sifat-sifat tersebut diatas adalah melalui teknik persilangan baik antar spesies maupun genus. Persilangan yang berhasil akan menghasilkan buah. Biji-biji dalam  buah anggrek dikecambahkan dalam media tanam berupa agar-agar yang telah diperkaya dengan unsur-unsur hara untuk membantu perkecambahan. Hal ini karena biji anggrek ukurannya sangat kecil dan tidak memiliki endosperm.

Usaha peningkatan anggrek secara kualitas dapat dilakukan dengan usaha perbaikan genetik melalui persilangan, sedangkan untuk peningkatan kuantitas dapat dilakukan dengan perbanyakan melalui kultur in vitro, jumlah anakan yang didapat lebih banyak dalam waktu yang relatif lebih singkat. Penggunaan media tumbuh dan pemberian zat pengatur tumbuh dalam budidaya anggrek secara in vitro akan mempengaruhi pertumbuhan dari tanaman anggrek itu sendiri. Media kultur yang memenuhi syarat adalah media yang mengandung nutrient makro dan mikro dalam kadar dan perbandingan tertentu, serta sumber tenaga (umumnya digunakan sukrosa). Seringkali juga mengandung satu atau dua macam vitamin dan zat perangsang pertumbuhan. Media tumbuh yang sering digunakan dalam budidaya anggrek secara in vitro adalah Vacin and Went. Sedangkan zat pengatur tumbuh yang sering digunakan adalah jenis auksin. Penggunaan media dan zat pengatur tumbuh yang tepat diharapkan pertumbuhan in vitro anggrek menjadi lebih baik. Pada penelitian ini, digunakan anggrek hasil persilangan, yaitu persilangan antara ♀Phalaeonopsis pinlong cinderela >< ♂Phalaeonopsis joanekileup “June”

Metode Pematahan Dormansi pada Benih Srikaya (Anona squamosa L) dan Penggunaan Media Tumbuh Bibit

*Oleh: Dr.Ir.Djatiwalujo Djoar, MS (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

Srikaya merupakan tanaman buah-buahaan yang mulai digemari banyak masyarakat, karena rasa buah spesipik manis dan segar, juga banyak mengandung vitamin yang bermanfaat untuk pertumbuhan dan daya tahan badan. srikaya Tuntutan masyarakat terhadap kualitas tanaman srikaya sangat kuat untuk mendapatkan tanaman berkualitas perlu dilakukan upaya mendapatkan tanaman dengan sifat : berbiji sedikit ,rasa manis, daging buah tebal dan buah tidak banyak berair serta buah besar tidak mudah pecah, untuk kriteria tersebuttelah dilakukan penelitian pertama dan mendapatkan tanaman dengan buah kriteria tersebut  pada lahan masyarakat.Maka untuk pengebangan tersebut  perlu dilakukan upaya pembibitan yang baik pada tanaman yang berkualitas tersebut. Penelitian  bertujuan untuk mengetahui metode  perkecambahan yang tepat dan formulasi media yang paling tepat untuk upaya pembibitan tanaman sriaya minim biji.  Penelitian dilakukan  dua kali  pertama  adalah metode perkecambahan terdiri dari dua faktor yaitu faktor aksesi dan metode perkecamahan, sedangkan penetitian ke dua adalah formuasi media untuk pertumbuhan bibit. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode perkecambahan benih srikaya perlu benih dibuka pada ujung kulitnya untuk mendapatkan daya kecambah yang tinggi dan seragam, sedangkan media pertumbuhan bibit yang baik adalah menggunakan formulasi media tanah, pasir dan pupuk kandang dengan perbandingan 1:1:1, dengan demikian peningkatan kualitas buah srikaya dengan  mengembangkan tanaman dari benih yang berasal dari buah yang sedikit bijinyadapat direkombinasikan

Analisis Molekuler HIV dan HCV di Surakarta

*Oleh: Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

HIV masih merupakan masalah besar di bidang kesehatan. WHO memperkirakan 33 juta orang terinfeksi HIV dan sekitar 2,5 juta orang terinfeksi pada tahun 2007. Di Indonesia diperkirakan terdapat 400.000 orang yang telah terinfeksi HIV (UNAIDS/WHO, 2008).

Database yang baik sangat diperlukan, antara lain dalam usaha untuk mengatasi penyebaran penyakit menular. Sayangnya, penelitian epidemiologi virus di Indonesia masih bersifat sporadik, tidak dalam bentuk usaha pembuatan database yang komprehensif. Selain itu, data epidemiologi molekular HIV masih minim. Untuk mengatasi masalah itu, perlu diupayakan untuk membuat database yang komprehensif tentang HIV dan HCV di Indonesia. Studi ini diawali dengan studi seroprevalensi HIV dan HCV di Jawa Tengah. Dalam studi ini dikumpulkan data epidemiologi dan spesimen darah untuk pemeriksaan serologi. Namun, untuk membuat database yang komprehensif, data epidemiologis dan seroprevalensi tidak cukup, masih membutuhkan data analisis molekular isolat virus yang didapat. Untuk mempelajari lebih dalam patogenesis, strategi replikasi, diagnosis, resistensi terhadap antivirus, dan terapi HIV di Indonesia, perlu dimiliki kloning seluruh genom HIV yang diisolasi dari Indonesia. Dengan tujuan itulah maka diperlukannya penelitian mengenai analisis molekuler HIV dan HCV di Surakarta.

Evaluasi Hasil Biji dan Rendemen Kadar Gula Batang pada Beberapa Varietas Sorghum Manis dengan Asupan Hara

*Oleh: Prof.Dr.Ir.Sulandjari, MS (Sekretaris Puslitbang Biotek Biodiv)

biji-shorghum

Sorghum (Sorghum bicolour L) merupakan salah satu jenis serealia yang mempunyai potensi besar untuk dikembangkan di Indonesia. Dari beberapa jenis sorghum manis berpotensi sebagai bahan baku energi alternatif yaitu bioetanol. Hara yang diserap tanaman dimanfaatkan untuk berbagai proses metabolisme dalam menjaga fungsi fisiologis tanaman. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian evaluasi asupan hara terhadap hasil tanaman sorghum. Tujuan penelitia ini adalah mendapatkan dosis pupuk organik yang tepat pada beberapa varietas sorghum manis melalui  evaluasi hasil biji dan randemen kadar gula batang. Pelaksanaan penelitian dilaksanakan di Kec. Ngaglik Sleman Yogyakarta Rancangan penelitian RAKL dengan perlakuan Dosis Pupuk  Organik (Bokhasi) : 3 t/ha ;  6 t/ha; 9 t/ha dan Macam varietas  :yaitu  Numbu dan Kawali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemupukan 12 t/ha mampu meningkatkan pertumbuhan dan hasil varietas Numbu dan Kawali, Peningkatan bobot seribu biji pada dosis 12 t/ha varietas Numbu tidak diikuti meningkatnya kadar gula artinya Varietas Kawali mempunyai kadar gula yang lebih tinggi daripada varietas Kawali.

Tawaran KKP3T

Diberitahukan dengan hormat, bahwa Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian Departemen Pertanian memberikan kesempatan kepada tenaga pengajar/dosen peneliti untuk mengirimkan Proposal Kerjasama Kemitraan Penelitian Pertanian dengan Perguruan Tinggi (KPP3T) Tahun Anggaran 2011 yang sebelumnya wajib mendaftarkan terlebih dahulu dengan mengisi formulir aplikasi on-line. Buku panduan dapat di download di website http://kkp3t.litbang.deptan.go.id atau www.lppm.uns.ac.id .

No Kegiatan Waktu
1 Pemberitahuan program KKP3T TA 2011 (website dan surat) Minggu I September 2010
2 Sosialisasi panduan Minggu I-III September 2010
3 Pendaftaran On Line 12 Oktober 2010
4 Batas akhir pendaftaran on line 12 November 2010
5 Rapat komite pengarah nasional Minggu III November 2010
6 Pengumuman hasil seleksi on line Minggu IV November
7 Batas akhir penyerahan proposal lengkap Minggu II Desember 2010
8 Penelaah oleh tim evaluator Minggu III Desember 2010
9 Evaluasi kelayakan biaya Minggu IV Desember 2010
10 Rapat komite pengarah nasional Minggu II Januari 2011
11 Pengumuman hasil evaluasi Minggu III Januari 2011
12 Seminar proposal Minggu IV Januari 2011
13 Penyerahan perbaikan proposal Minggu I Februari 2011
14 Verifikasi akhir Minggu II Februari 2011
15 Penandatanganan kontrak Minggu III Februari 2011

Demikian, atas perhatian dan kerjasamanya diucapkan terima kasih.