Posts tagged: pusat studi

Rapat PeerGroup

Senin (31/10) bertempat di Ruang Sidang II LPPM UNS, Puslitbang Bioteknologi dan Biodiversitas kembali mengadakan agenda bulanan yaitu Rapat PeerGroup dengan pimpinan rapat adalah Prof.Dr.Ir.Sulandjari, MS selaku kepala Puslitbang Biotek Biodiv. Acara yang dimulai pada pukul 13.00 wib ini dihadiri oleh sekitar 14 PeerGroup. Ada banyak agenda yang dibahas pada rapat kali ini, antara lain mengenai Roadmap Puslitbang Biotek Biodiv serta beberapa rencana program kerja tahun 2012.

Seminar Hasil DIPA Tahun 2010

Rabu, 16 Februari 2011. Puslitbang Bioteknologi dan Biodiversitas mengadakan Seminar Hasil DIPA tahun 2010 bertempat di Ruang Sidang II, LPPM UNS.

Berikut ini judul penelitian yang dipresentasikan pada Seminar  Hasil DIPA tahun 2010.

NO

Judul Penelitian

Oleh

1

Analisis Molekuler HIV dan HCV di Surakarta Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D

2

Teknik Penumbuhan Biji Anggrek Hasil Persilangan pada Media Kultur Ir. Sri Hartati

3

Metode Pematahan Dormansi pada Benih Srikaya (Annona squamosa Linn.) dan Penggunaan Media Pertumbuhan Bibit Dr.Ir. Djatiwalujo Djoar, MS

4

Ekstrak Daun Meniran di Kabupaten Sukoharjo Ir. Ashry Mukhtar

img00381-20110216-1330

img00379-20110216-1329

img00378-20110216-1329img00382-20110216-1330

assignmenthelponline.co.uk

Rapat PeerGroup

dsc00011-3Rabu, 26 Januari 2011, pukul 13.00-16.00. Pusat Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Biodiversitas LPPM UNS kembali mengadakan rapat PeerGroup bertempat di Ruang P3BB LPPM UNS.

Adapun agenda rapat PeerGroup antara lain membahas mengenai:

1.      Pembaharuan susunan PeerGroup tahun 2011

2.      Hasil akreditasi Puslit Biotek Biodiv

3.      Rencana kegiatan Puslit Biotek Biodiv tahun 2011

4.      Jurnal Puslit Biotek Biodiv, yaitu JBB (Journal of Biotechnology and Biodiversity)

5.      Info-info lainnya.

Berikut adalah nama pengurus dan anggota PeerGroup yang hadir:

1.      Paramasari Dirgahayu, dr., Ph.D

2.      Prof.Dr.Ir.Sulandjari, MS

3.      Estu Retnaningtyas N., STP., M.Si

4.      Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D

5.      Dr.Ir.Djatiwalujo Djoar, MS

6.      Prof.Dr.Ir.Nandariyah, MS

7.      Yulia Sari, S.Si., M.Si

8.      Prof.Dr.Ir.Bambang Pujiasmanto, MS

9.      Prof.Dr.Ir.Djoko Purnomo, MP

Molecular Epidemiology Database of HIV, HBV, HCV, HDV,HTLV 1/2, and TTV In Central of Java, Indonesia

*Oleh: Paramasari Dirgahayu, dr., Ph.D (Kepala Puslit Biotek Biodiv)

Sejak tahun 2009 telah dilakukan kegiatan surveilans aktif berupa pengumpulan data epidemiologi dan klinis dan spesimen darah dari para komunitas resiko tinggi untuk infeksi human blood borne viruses (lembaga koreksional, pengguna narkotika suntik, men who have sex with men, dll.) untuk membuat database epidemiologi molekular human blood borne viruses di Indonesia berfokus pada HIV, HBV, HCV, HDV, HTLV-1/2 dan TTV. Sampel yang dikumpulkan tahun 2009 (518 spesimen darah) telah diskrining dengan uji serologi untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, dan anti-HTLV-1/2. Dari semua sampel tersebut 4,8 % (25/518), 3,3 % (17/518), 26,3 % (136/518), 0,2 % (1/518), 2,9 % (15/518) positif untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, and anti-HTLV-1/2, secara berurutan. Asam nukleat telah diekstrak dari semua sampel, yang dilanjutkan dengan RT-PCR nested untuk HIV, HDV, dan HTLV-1/2 dan PCR nested untuk TTV dan HBV. Produk PCR untuk HIV dan HCV telah disekuensing dan dianalisis. Secara garis besar, 13 RNA HIV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HIV pol. Untuk HCV, 31 RNA HCV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HCV E1-E2 dan NS5B. Semua sampel HBsAg positif berhasil dideteksi dengan PCR nested untuk sebagian daerah gen HBV HBsAg dan HBV daerah promotor dan precore. Isolat HDV tidak berhasil dideteksi dengan uji molekular. Untuk HTLV-1/2, 8 RNA HTLV-1/2 berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HTLV-1/2 LTR dan VS. Sebanyak 104 isolat TTV berhasil dideteksi menggunakan PCR nested yang mengamplifikasi sebagian daerah TTV N22. Analisis filogenetik isolat HIV dan HCV menunjukkan bahwa semua isolat HIV dan HCV kami berbeda dengan semua HIV dan atau HCV yang diisolasi sebelumnya di Indonesia. Pada tahun 2010 terkumpul 400 sampel lagi, dan telah dideteksi secara serologi untuk HIV dan HCV.

Kloning Gen Penyandi Protein Struktural Virus Hepatitis C Isolat Jawa Tengah Indonesia

*Oleh: Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah dimilikinya replikon dan sistem infeksius virus hepatitis C (HCV) isolat lokal (Indonesia). Replikon dan sistem infeksius tersebut akan digunakan untuk mempelajari strategi replikasi, diagnosis, vaksin maupun terapi HCV. Tujuan jangka pendek penelitian ini adalah dimilikinya kloning gen penyandi protein struktural virus hepatitis C yang akan digunakan untuk penelitian lanjutan di bidang diagnosis dan pembuatan vaksin. Untuk tujuan tersebut telah dilakukan isolasi RNA HCV dari spesimen plasma darah dengan anti-HCV positif. Isolat RNA ini dibuat bentuk cDNA-nya dan sebagian daerah NS5B dan E1-E2 diamplifikasi dengan RT-PCR dua langkah. Produk PCR kemudian disekuensing dan dianalisis filogenetiknya. Hasil analisis filogenetik ini digunakan untuk memilih isolat yang dikloning genomnya, dan terpilih isolat 09IDSKAC-20 yang memiliki genotipe 1a. Desain primer dan dilakukan dengan program FastPCR. Selanjutnya dilakukan isolasi RNA ulang dari aliquot plasma isolat yang dipilih untuk tujuan kloning. Kloning dilakukan dengan RT-PCR menggunakan Accuprime Pfx PCR Polymerase, kemudian produk PCR setelah dimurnikan disubkloningkan ke pETBlue-1 vector. Plasmid kemudian ditransformasikan ke dalam sel kompeten. Koloni sel kompeten dipanen, kemudian plasmid diekstrak dan kemudian disekuensing. Genom HCV yang terdapat di dalam plasmid vektor disekuensing dengan menggunakan primer universal untuk pETBlue-1, yaitu pETBlueUP primer #70604-3 untuk forward primer dan pETBlueDOWN primer #70603-3 untuk  reverse primer. Hasil sekuensing tersebut dianalisis menggunakan program Sequence Viewer dan MEGA4.