Molecular Epidemiology Database of HIV, HBV, HCV, HDV,HTLV 1/2, and TTV In Central of Java, Indonesia

*Oleh: Paramasari Dirgahayu, dr., Ph.D (Kepala Puslit Biotek Biodiv)

Sejak tahun 2009 telah dilakukan kegiatan surveilans aktif berupa pengumpulan data epidemiologi dan klinis dan spesimen darah dari para komunitas resiko tinggi untuk infeksi human blood borne viruses (lembaga koreksional, pengguna narkotika suntik, men who have sex with men, dll.) untuk membuat database epidemiologi molekular human blood borne viruses di Indonesia berfokus pada HIV, HBV, HCV, HDV, HTLV-1/2 dan TTV. Sampel yang dikumpulkan tahun 2009 (518 spesimen darah) telah diskrining dengan uji serologi untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, dan anti-HTLV-1/2. Dari semua sampel tersebut 4,8 % (25/518), 3,3 % (17/518), 26,3 % (136/518), 0,2 % (1/518), 2,9 % (15/518) positif untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, and anti-HTLV-1/2, secara berurutan. Asam nukleat telah diekstrak dari semua sampel, yang dilanjutkan dengan RT-PCR nested untuk HIV, HDV, dan HTLV-1/2 dan PCR nested untuk TTV dan HBV. Produk PCR untuk HIV dan HCV telah disekuensing dan dianalisis. Secara garis besar, 13 RNA HIV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HIV pol. Untuk HCV, 31 RNA HCV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HCV E1-E2 dan NS5B. Semua sampel HBsAg positif berhasil dideteksi dengan PCR nested untuk sebagian daerah gen HBV HBsAg dan HBV daerah promotor dan precore. Isolat HDV tidak berhasil dideteksi dengan uji molekular. Untuk HTLV-1/2, 8 RNA HTLV-1/2 berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HTLV-1/2 LTR dan VS. Sebanyak 104 isolat TTV berhasil dideteksi menggunakan PCR nested yang mengamplifikasi sebagian daerah TTV N22. Analisis filogenetik isolat HIV dan HCV menunjukkan bahwa semua isolat HIV dan HCV kami berbeda dengan semua HIV dan atau HCV yang diisolasi sebelumnya di Indonesia. Pada tahun 2010 terkumpul 400 sampel lagi, dan telah dideteksi secara serologi untuk HIV dan HCV.