Molecular Epidemiology Database of HIV, HBV, HCV, HDV,HTLV 1/2, and TTV In Central of Java, Indonesia

*Oleh: Paramasari Dirgahayu, dr., Ph.D (Kepala Puslit Biotek Biodiv)

Sejak tahun 2009 telah dilakukan kegiatan surveilans aktif berupa pengumpulan data epidemiologi dan klinis dan spesimen darah dari para komunitas resiko tinggi untuk infeksi human blood borne viruses (lembaga koreksional, pengguna narkotika suntik, men who have sex with men, dll.) untuk membuat database epidemiologi molekular human blood borne viruses di Indonesia berfokus pada HIV, HBV, HCV, HDV, HTLV-1/2 dan TTV. Sampel yang dikumpulkan tahun 2009 (518 spesimen darah) telah diskrining dengan uji serologi untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, dan anti-HTLV-1/2. Dari semua sampel tersebut 4,8 % (25/518), 3,3 % (17/518), 26,3 % (136/518), 0,2 % (1/518), 2,9 % (15/518) positif untuk anti-HIV, HBsAg, anti-HCV, anti-HDV, and anti-HTLV-1/2, secara berurutan. Asam nukleat telah diekstrak dari semua sampel, yang dilanjutkan dengan RT-PCR nested untuk HIV, HDV, dan HTLV-1/2 dan PCR nested untuk TTV dan HBV. Produk PCR untuk HIV dan HCV telah disekuensing dan dianalisis. Secara garis besar, 13 RNA HIV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HIV pol. Untuk HCV, 31 RNA HCV berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HCV E1-E2 dan NS5B. Semua sampel HBsAg positif berhasil dideteksi dengan PCR nested untuk sebagian daerah gen HBV HBsAg dan HBV daerah promotor dan precore. Isolat HDV tidak berhasil dideteksi dengan uji molekular. Untuk HTLV-1/2, 8 RNA HTLV-1/2 berhasil diamplifikasi dengan RT PCR nested untuk sebagian daerah HTLV-1/2 LTR dan VS. Sebanyak 104 isolat TTV berhasil dideteksi menggunakan PCR nested yang mengamplifikasi sebagian daerah TTV N22. Analisis filogenetik isolat HIV dan HCV menunjukkan bahwa semua isolat HIV dan HCV kami berbeda dengan semua HIV dan atau HCV yang diisolasi sebelumnya di Indonesia. Pada tahun 2010 terkumpul 400 sampel lagi, dan telah dideteksi secara serologi untuk HIV dan HCV.

Kloning Gen Penyandi Protein Struktural Virus Hepatitis C Isolat Jawa Tengah Indonesia

*Oleh: Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah dimilikinya replikon dan sistem infeksius virus hepatitis C (HCV) isolat lokal (Indonesia). Replikon dan sistem infeksius tersebut akan digunakan untuk mempelajari strategi replikasi, diagnosis, vaksin maupun terapi HCV. Tujuan jangka pendek penelitian ini adalah dimilikinya kloning gen penyandi protein struktural virus hepatitis C yang akan digunakan untuk penelitian lanjutan di bidang diagnosis dan pembuatan vaksin. Untuk tujuan tersebut telah dilakukan isolasi RNA HCV dari spesimen plasma darah dengan anti-HCV positif. Isolat RNA ini dibuat bentuk cDNA-nya dan sebagian daerah NS5B dan E1-E2 diamplifikasi dengan RT-PCR dua langkah. Produk PCR kemudian disekuensing dan dianalisis filogenetiknya. Hasil analisis filogenetik ini digunakan untuk memilih isolat yang dikloning genomnya, dan terpilih isolat 09IDSKAC-20 yang memiliki genotipe 1a. Desain primer dan dilakukan dengan program FastPCR. Selanjutnya dilakukan isolasi RNA ulang dari aliquot plasma isolat yang dipilih untuk tujuan kloning. Kloning dilakukan dengan RT-PCR menggunakan Accuprime Pfx PCR Polymerase, kemudian produk PCR setelah dimurnikan disubkloningkan ke pETBlue-1 vector. Plasmid kemudian ditransformasikan ke dalam sel kompeten. Koloni sel kompeten dipanen, kemudian plasmid diekstrak dan kemudian disekuensing. Genom HCV yang terdapat di dalam plasmid vektor disekuensing dengan menggunakan primer universal untuk pETBlue-1, yaitu pETBlueUP primer #70604-3 untuk forward primer dan pETBlueDOWN primer #70603-3 untuk  reverse primer. Hasil sekuensing tersebut dianalisis menggunakan program Sequence Viewer dan MEGA4.

Teknik Penumbuhan Biji Anggrek Hasil Persilangan pada Media Kultur

*Oleh: Ir.Sri Hartati, MP (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

Tanaman anggrek merupakan tanaman khas Indonesia yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi. Salah satu jenis anggrek Indonesia yang merupakan kebanggaan nasional adalah anggrek bulan (Phalaenoposis). Jenis ini terdiri atas 60 spesies, 22 diantaranya tumbuh alami di Indonesia. Plasma nutfahnya tumbuh alami di Sulawesi, Sumatera, Kalimantan, dan Jawa. Kendati sebagai gudangnya anggrek Phalaenopsis, belum banyak silangan yang dihasilkan oleh Indonesia.

Anggrek yang diminati pasar adalah anggrek dengan kapasitas produksi bunga tinggi dengan bentuk dan warna yang menarik, mahkota bunga kompak, tekstur tebal, tahan lama sebagai bunga potong, jumlah kuntum bunga banyak, kuntum bunga tidak gugur dini akibat kelainan genetis, serta tahan terhadap hama dan penyakit.

Salah satu cara untuk mendapatkan spesies anggrek dengan sifat-sifat tersebut diatas adalah melalui teknik persilangan baik antar spesies maupun genus. Persilangan yang berhasil akan menghasilkan buah. Biji-biji dalam  buah anggrek dikecambahkan dalam media tanam berupa agar-agar yang telah diperkaya dengan unsur-unsur hara untuk membantu perkecambahan. Hal ini karena biji anggrek ukurannya sangat kecil dan tidak memiliki endosperm.

Usaha peningkatan anggrek secara kualitas dapat dilakukan dengan usaha perbaikan genetik melalui persilangan, sedangkan untuk peningkatan kuantitas dapat dilakukan dengan perbanyakan melalui kultur in vitro, jumlah anakan yang didapat lebih banyak dalam waktu yang relatif lebih singkat. Penggunaan media tumbuh dan pemberian zat pengatur tumbuh dalam budidaya anggrek secara in vitro akan mempengaruhi pertumbuhan dari tanaman anggrek itu sendiri. Media kultur yang memenuhi syarat adalah media yang mengandung nutrient makro dan mikro dalam kadar dan perbandingan tertentu, serta sumber tenaga (umumnya digunakan sukrosa). Seringkali juga mengandung satu atau dua macam vitamin dan zat perangsang pertumbuhan. Media tumbuh yang sering digunakan dalam budidaya anggrek secara in vitro adalah Vacin and Went. Sedangkan zat pengatur tumbuh yang sering digunakan adalah jenis auksin. Penggunaan media dan zat pengatur tumbuh yang tepat diharapkan pertumbuhan in vitro anggrek menjadi lebih baik. Pada penelitian ini, digunakan anggrek hasil persilangan, yaitu persilangan antara ♀Phalaeonopsis pinlong cinderela >< ♂Phalaeonopsis joanekileup “June”

Metode Pematahan Dormansi pada Benih Srikaya (Anona squamosa L) dan Penggunaan Media Tumbuh Bibit

*Oleh: Dr.Ir.Djatiwalujo Djoar, MS (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

Srikaya merupakan tanaman buah-buahaan yang mulai digemari banyak masyarakat, karena rasa buah spesipik manis dan segar, juga banyak mengandung vitamin yang bermanfaat untuk pertumbuhan dan daya tahan badan. srikaya Tuntutan masyarakat terhadap kualitas tanaman srikaya sangat kuat untuk mendapatkan tanaman berkualitas perlu dilakukan upaya mendapatkan tanaman dengan sifat : berbiji sedikit ,rasa manis, daging buah tebal dan buah tidak banyak berair serta buah besar tidak mudah pecah, untuk kriteria tersebuttelah dilakukan penelitian pertama dan mendapatkan tanaman dengan buah kriteria tersebut  pada lahan masyarakat.Maka untuk pengebangan tersebut  perlu dilakukan upaya pembibitan yang baik pada tanaman yang berkualitas tersebut. Penelitian  bertujuan untuk mengetahui metode  perkecambahan yang tepat dan formulasi media yang paling tepat untuk upaya pembibitan tanaman sriaya minim biji.  Penelitian dilakukan  dua kali  pertama  adalah metode perkecambahan terdiri dari dua faktor yaitu faktor aksesi dan metode perkecamahan, sedangkan penetitian ke dua adalah formuasi media untuk pertumbuhan bibit. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode perkecambahan benih srikaya perlu benih dibuka pada ujung kulitnya untuk mendapatkan daya kecambah yang tinggi dan seragam, sedangkan media pertumbuhan bibit yang baik adalah menggunakan formulasi media tanah, pasir dan pupuk kandang dengan perbandingan 1:1:1, dengan demikian peningkatan kualitas buah srikaya dengan  mengembangkan tanaman dari benih yang berasal dari buah yang sedikit bijinyadapat direkombinasikan

Analisis Molekuler HIV dan HCV di Surakarta

*Oleh: Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D (PeerGroup Puslit Biotek Biodiv)

HIV masih merupakan masalah besar di bidang kesehatan. WHO memperkirakan 33 juta orang terinfeksi HIV dan sekitar 2,5 juta orang terinfeksi pada tahun 2007. Di Indonesia diperkirakan terdapat 400.000 orang yang telah terinfeksi HIV (UNAIDS/WHO, 2008).

Database yang baik sangat diperlukan, antara lain dalam usaha untuk mengatasi penyebaran penyakit menular. Sayangnya, penelitian epidemiologi virus di Indonesia masih bersifat sporadik, tidak dalam bentuk usaha pembuatan database yang komprehensif. Selain itu, data epidemiologi molekular HIV masih minim. Untuk mengatasi masalah itu, perlu diupayakan untuk membuat database yang komprehensif tentang HIV dan HCV di Indonesia. Studi ini diawali dengan studi seroprevalensi HIV dan HCV di Jawa Tengah. Dalam studi ini dikumpulkan data epidemiologi dan spesimen darah untuk pemeriksaan serologi. Namun, untuk membuat database yang komprehensif, data epidemiologis dan seroprevalensi tidak cukup, masih membutuhkan data analisis molekular isolat virus yang didapat. Untuk mempelajari lebih dalam patogenesis, strategi replikasi, diagnosis, resistensi terhadap antivirus, dan terapi HIV di Indonesia, perlu dimiliki kloning seluruh genom HIV yang diisolasi dari Indonesia. Dengan tujuan itulah maka diperlukannya penelitian mengenai analisis molekuler HIV dan HCV di Surakarta.

Evaluasi Hasil Biji dan Rendemen Kadar Gula Batang pada Beberapa Varietas Sorghum Manis dengan Asupan Hara

*Oleh: Prof.Dr.Ir.Sulandjari, MS (Sekretaris Puslitbang Biotek Biodiv)

biji-shorghum

Sorghum (Sorghum bicolour L) merupakan salah satu jenis serealia yang mempunyai potensi besar untuk dikembangkan di Indonesia. Dari beberapa jenis sorghum manis berpotensi sebagai bahan baku energi alternatif yaitu bioetanol. Hara yang diserap tanaman dimanfaatkan untuk berbagai proses metabolisme dalam menjaga fungsi fisiologis tanaman. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian evaluasi asupan hara terhadap hasil tanaman sorghum. Tujuan penelitia ini adalah mendapatkan dosis pupuk organik yang tepat pada beberapa varietas sorghum manis melalui  evaluasi hasil biji dan randemen kadar gula batang. Pelaksanaan penelitian dilaksanakan di Kec. Ngaglik Sleman Yogyakarta Rancangan penelitian RAKL dengan perlakuan Dosis Pupuk  Organik (Bokhasi) : 3 t/ha ;  6 t/ha; 9 t/ha dan Macam varietas  :yaitu  Numbu dan Kawali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemupukan 12 t/ha mampu meningkatkan pertumbuhan dan hasil varietas Numbu dan Kawali, Peningkatan bobot seribu biji pada dosis 12 t/ha varietas Numbu tidak diikuti meningkatnya kadar gula artinya Varietas Kawali mempunyai kadar gula yang lebih tinggi daripada varietas Kawali.

Human Immunodeficiency Virus (HIV), Virus Hepatitis C (HCV) dan Perilaku Seksual Komunitas MSM di Surakarta

Human Immunodeficiency Virus (HIV) dan Hepatitis C (HCV) masih merupakan masalah besar di bidang kesehatan. WHO memperkirakan 33 juta orang terinfeksi HIV dan sekitar 2.5 juta orang terinfeksi pada tahun 2007. Di Indonesia diperkirakan terdapat 400.000 orang yang telah terinfeksi HIV (UNAIDS/WHO, 2008). Sekitar 7 juta orang Indonesia terinfeksi virus HCV dan 90% dari mereka tidak mengetahui dirinya terinfeksi. Karena itu sejak tahun 2008 pemerintah Indonesia telah memulai program surveilance untuk Hepatitis C. Pada tahap pertama telah dicatat 5.870 kasus Hepatitis C di 11 provinsi, termasuk Jakarta, Sumatera Utara, Sumatera Selatan dan Bali. Pada tahap kedua akan dicatat pasien dari 10 provinsi termasuk Riau , Kalimantan Selatan, Yogyakarta dan NTB (Anonim,2008a).

Komunitas MSM (men who have sex with men) termasuk kedalam kelompok yang beresiko tinggi dalam penularan HIV dan HCV. Dalam rangka pembuatan database infeksi HIV dan HCV di Indonesia dilakukan survey dan pengumpulan spesimen darah dengan metode respondent-driven sampling untuk mengetahui penyebaran HIV dan HCV pada komunitas MSM di Surakarta dan perilaku seksual mereka. Pada Agustus-September 2009, 100 MSM terlibat dalam penelitian ini. Dari pemeriksaan serum darah didapatkan seroprovalensi anti HIV-1/2 positif sebesar 8% (8/100) dan anti HCV positif sebesar 10% (10/100). HIV dan HCV hanya ditemukan pada MSM yang melakukan seks komersial (40% (8/20) untuk HIV dan 50% (10/20) untuk HCV). Hasil penelitian ini menunjukkan pentingnya intervensi untuk mendiagnosis, mengobati dan mencegah penyebaran HIV dan HCV pada komunitas ini.

Penelitian ini dilakukan oleh Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D, peergroup Pusat Bioteknologi dan Biodiversitas LPPM UNS.

Introduksi Budidaya Pule Pandak pada Pola Agroforestri di KPH.Saradan dan KHP.Bromo

Pengelolaan hutan berbasiskan masyarakat merupakan salah satu orientasi pembangunan saat ini. Di KPH Saradan dan KPH Bromo, keterlibatan masyarakat secara langsung telah terimplementasikan dalam suatu program Pengelolaan Hutan Bersama Masyarakat (PHBM). Salah satu faktor yang mempengaruhi keberhasilan PHBM adalah pengetahuan. Pengetahuan budaya merupakan hal penting yang mempengaruhi kearifan masyarakat dalam melakukan pengelolaan sumber daya hutan dalam arti ekonomi. Di sisi lain pule pandak dikenal sebagai salah satu tanaman obat yang untuk berbagai macam penyakit telah diketahui sejak dulu, hidup secara endemik dibawah tegakan jati. Karena pengambilannya langsung dari alam, dalam CITES masuk Appendiks II (jarang) sedang menurut IUCN masuk dalam kategori genting (endangered sp).

Terkait dengan hal tesebut, Prof. Dr. Ir. Sulandjari, MS, sekretaris Pusat Bioteknologi dan Biodiversitas LPPM UNS melakukan penelitian dengan judul “Introduksi Budidaya Pule Pandak pada Pola Agroforestri di KPH.Saradan dan KPH.Bromo”. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui potensi hutan Bromo dan hutan Saradan untuk budidaya tanaman pule pandak melalui observasi lingkungan.

Penelitian  ini telah dilaksanakan  di KPH.Bromo kecamatan Karanganyar dan KPH.Saradan kecamatan Madiun pada bulan Juli 2009 sampai Agustus 2009.

Persilangan Anggrek Phalaenopsis

Phalaenopsis Keindahan Anggrek Phalaenopsis tidak diragukan lagi. Berkat keelokan tersebut anggrek ini menjadi salah satu primadona bisnis anggrek di Indonesia bahkan di dunia. Negara yang telah mengembangkan anggrek ini secara besar-besaran adalah Taiwan. Kendati sebagai gudangnya anggrek Phalaenopsis, belum banyak silangan yang dihasilkan oleh Indonesia. Upaya untuk memperkaya keanekaragaman anggrek bulan (Phalaenopsis sp) dapat dilakukan dengan persilangan. Tujuan dari persilangan ini adalah untuk meningkatkan kualitas bunga anggrek atau upaya untuk mendapatkan kultivar baru dan sasaran pemuliaan tanaman anggrek yaitu untuk memperluas keragaman genetik pada bentuk dan warna yang unik, disenangi konsumen, frekuensi berbunga yang tinggi dan tahan terhadap penyakit serta lingkungan tanam sehingga perlakuan perlu dilakukan dalam penelitian.

Continue reading “Persilangan Anggrek Phalaenopsis”

Annona squamosa. L di Kecamatan Sukolilo Kabupaten Pati

srikaya-shapeAnnona squamosa. L atau Tanaman Srikaya yang merupakan buah yang sangat disukai oleh sebagian masyarakat Indonesia dengan kekhususan buahnya lunak berbiji dan rasanya manis. Sukolilo merupakan salah satu daerah sentral tanaman yang memberikan kontribusi terhadap pendapatan petani di daerah tersebut. Populasi tanaman tersebar secara liar di daerah perbukitan belum dilakukan pembudidayaan dan diduga memiliki tingkat keragaman yang cukup tinggi sehingga hasilnya masih jauh dari optimal. Langkah awal untuk peningkatan produksi secara pemuliaan adalah adanya keragaman tanaman, pengamatan morfologi meliputi pengamatan secar visual dan mendapatkan karakter fenotip dan dari informasi fenotip itu dapat dipakai untuk mengetahui tingkat keragaman tanaman dan juga untuk menduga tingkat keragaman genotip.

pak-djati21Disini Dr. Ir. Djati Walujo Djoar, MS dari Puslitbang Bioteknologi dan Biodiversitas LPPM UNS mencoba untuk melakukan penelitian terkait dengan keragaman tanaman Srikaya dengan metode survey yang kemudian selanjutnya bisa diketahui informasi fenotip sebagai dasar program pemuliaan untuk perbaikan hasil. Penelitian ini didukung oleh sepenuhnya Puslitbang Bioteknologi dan Biodiversitas yang didanai oleh DIPA.

Penelitian ini dimulai pada bulan Juni 2009 – September 2009 mulai dari pengambilan sample 36 tanaman pada 4 kelompok populasi tanaman yang terdapat di 2 desa di kecamatan Sukolilo, Pati. Kemudian dilakukan pengamatan morphologi tanaman meliputi daun, batang, bunga, buah dan karakter morfhologi lainnya yang bersifat spesifik yang ditemukan di lapangan dan kemudian dilakukan evaluasi kandungan gula diLaboratorium Fakultas Pertanian UNS. Selanjutnya dilakukan analisa data untuk mendapatkan informasi yang dapat digunakan untuk melakukan usaha pemuliaan tanaman secara efektif dan berguna untuk peningkatan kualitas dari tanaman Srikaya di daerah Sukolilo Kabupaten Pati.